Un polimorfismo è definito genericamente come una variazione a livello della sequenza di un acido nucleico. Se parliamo del DNA, il polimorfismo risulta ereditabile, dal momento che sarà tramesso a parte dei gameti e quindi a una certa percentuale della prole. Nel DNA il polimorfismo si può trovare in una porzione codificante (esone) in una porzione del gene non codificante (introne) oppure in una porzione intergenica.
L’effetto del polimorfismo varia ovviamente a seconda della posizione, in particolare se si trova nella porzione codificante può originare un peptide uguale a quello dell’allele più diffuso nella popolazione (polimorfismo sinonimo) quando non varia l’amminoacido codificato (degenerazione del codice genetico) oppure generare un peptide diverso da quello più diffuso nella popolazione e che può rivelarsi più o meno efficiente della versione non polimorfica.
Esempio di splicing alternativo di un gene modello. Gli introni, oltre a fungere da spaziatori tra le sequenze esoniche, sono anche fondamentali per determinare il tipo di trascritto primario che verrà prodotto. da http://proline.bic.nus.edu.sg
Il significato di un polimorfismo a livello intronico è ovviamente strettamente correlato al significato degli introni presenti nel genoma degli eucarioti. A questo riguardo si faccia riferimento alla risposta di Andrea Senna al riguardo (http://www.vialattea.net/esperti/php/risposta.php?num=10429).
A livello degli introni è possibile trovare, ad esempio, alcune sequenze che funzionano da promotori per la trascrizione, siti che regolano lo splicing alternativo e talvolta altri geni funzionali (ne è un esempio il c.d. locus colinergico). Una mutazione nelle sequenze che svolgono queste funzioni potrebbe influenzarle in maniera positiva o negativa o essere ininfluente, esattamente come accade nelle sequenze codificanti degli esoni.
Struttura del locu cholinergico in Caenorhabditis elegans. unc-17, omologo del gene vAcht dei vertebrati si trova inserito nel primo introne del gene cha-1 (omologo del gene Chat di vertebrato).da http://www.wormbook.org/
Nel passato si erano considerate le sequenze introniche esclusivamente come materiale di scarto del genoma della cellula e quindi si era proposta la teoria che le mutazioni a livello di queste sequenze fossero del tutto ininfluenti. Ovviamente questa considerazione è divenuta obsoleta non appena sono stati identificati alcuni dei ruoli delle sequenze introniche. In definitiva quindi, non è possibile definire un ruolo o un significato per i polimorfismi intronici ma ogni caso va considerato a parte. Ricordiamo inoltre che, mentre per le sequenze esoniche una buona percentuale delle mutazioni risulta essere sinonima e quindi non interferire con la funzione della proteina risultante, per quanto riguarda le porzioni introniche non si possono ancora prevedere in modo teorico gli effetti della variazioni nucleotidiche.