Vorrei sapere in cosa consiste e le eventuali differenze tra la regolazione in cis e quella in trans della trascrizione. Grazie per la disponibilità.

Trans e cis sono due prefissi, comunemente usati anche al di fuori della biologia, per indicare l’uno vicinanza (cis) e l’altro lontananza (trans). Ad esempio Gallia CIS-alpina e Gallia TRANS-alpina, di cesariana memoria, erano usati dai romani per indicare la Gallia vicina e quella oltr’Alpe.

Gli stessi prefissi vengono utilizzati in campo biologico, ad esempio nel test di complementazione di Benzer o, come è il caso delle domanda, nel campo della regolazione genica degli eucarioti.

In questo secondo caso ci si riferisce alla trascrizione, cioè il processo per cui nel nucleo di una cellula eucariota il DNA si apre e viene utilizzato come stampo per sintetizzare l’RNA messaggero, per azione della RNA polimerasi II.
In questi link trovi una animazione ed un filmato della trascrizione.
http://www.johnkyrk.com/DNAtranscription.html
http://vcell.ndsu.nodak.edu/animations/transcription/movie.htm

In una cellula eucariota Il gene, che codifica per le proteine,  è formato da sequenze che verranno trascritte dall’enzima RNA polimerasi II e poi tradotte in proteine e zone che non vengono trascritte, ma servono ad iniziare (Promotore), amplificare (Enhancer), diminuire (Silencer), cioè a regolare la trascrizione.

http://it.wikipedia.org/wiki/Fattore_di_trascrizione
http://atlasgeneticsoncology.org/Educ/TFactorsID30020IS.html
http://138.192.68.68/bio/Courses/biochem2/RNA/EukaryoticTranscription.html

Da: http://www.csu.edu.au/faculty/health/biomed/subjects/molbol/gene.htm

Per poter incominciare la trascrizione, l’RNA polimerasi ha bisogno di numerosi fattori generali di trascrizione (TFIIA, TFIIB etc) che interagiranno con le varie parti del gene. 

Il promotore contiene una sequenza di DNA chiamata TATA-box, posta ad una distanza di circa 25 nucleotidi a monte del punto in cui deve iniziare la sintesi di RNA. Il TATA-box viene riconosciuto e legato dal fattore di trascrizione TFIID.

Anche gli altri fattori di trascrizione, tra i quali c’è la stessa RNA polimerasi, si assemblano a livello del promotore.
 
A questo punto il fattore TFIIH fosforila l’RNA polimerasi cambiandone la conformazione in modo tale che essa si stacchi dal complesso e possa iniziare la trascrizione.

 I fattori di trascrizione possono essere attivati o de-attivati selettivamente da altre proteine.

La trascrizione ha bisogno quindi di:
– elementi che agiscono in CIS e
– fattori che agiscono in TRANS. 

Gli  elementi che agiscono in CIS sono le sequenze di DNA, che si trovano in vicinanza della porzione di gene che deve essere trascritta in RNA. Quindi il Promotore, l’Enhancer, il Silencer.

In TRANS agiscono dei fattori, normalmente proteine prodotte da altre sezioni di DNA, che si legano alle sequenza CIS, per controllare l’espressione del gene.

I fattori trascrizionali di base sono:
–  i TFIIA, TFIIB, che si legano al promotore;
–  il TFIID che include 
        la proteina TBP che si lega alla sequenza TATA  
         i TAFs (fattori associati al TBP);
–  il TBIIE che influisce sul TDIIH
–  il TFIIFche si lega direttametne alla RNA polimerasi
–  il TBIIH comprende le proteine per riparare l’RNA. 

Notizie più approfondite per i singoli fattori di trascrizione le puoi  trovare nei link seguenti, che però sono in inglese.  


http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiia.html

http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiib.html
http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiid.html
http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiie.html
http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiif.html 
http://tfiib.med.harvard.edu/transcription/tfiih.html