Il tratto gastroenterico dell’ uomo si compone di esofago, stomaco, intestino tenue (duodeno, digiuno, ileo) e intestino crasso (cieco, colon, retto).
Nella porzione superiore risiedono soltanto pochi batteri: gli alloctoni ed i batteri del cavo orale, che giungono allo stomaco con la massa semi fluida di cibo parzialmente digerito.
A causa del basso valore del pH gastrico, la maggior parte dei batteri, tra cui vari patogeni, non sopravvive nel transito attraverso lo stomaco.
Nel duodeno compaiono i batteri dell’acido lattico. A cominciare dall’ intestino tenue superiore, il valore del pH aumenta, il chimo diviene alcalino e la flora batterica si modifica in misura sempre maggiore.
Batteri anaerobi facoltativi consumano l’ossigeno ancora presente e quindi prevalgono batteri anaerobi obbligati, come Bacteroides, Eubacterium, Peptostreptococcus, Bifidobacterium. Solo nel colon i batteri raggiungono una densità eccezionalmente elevata comprendente: Bacteroides, Peptostreptococcus, Bifidobacterium. Nel colon sono sempre presenti anche lattobatteri coliformi, clostridi, lieviti ed Escherichia coli. La composizione del cibo e l’assorbimento attraverso gli epiteli delle varie porzioni enteriche, influenzano in modo determinante le trasformazioni microbiologiche che avvengono nell’ intestino.
Acqua, sali, tra cui Na+, K+, SO42-, NO32-, vengono assorbiti già ad iniziare da duodeno e digiuno, mono e disasaccaridi vengono pure assorbiti nello stomaco e nel tratto superiore dell’ intestino tenue. Gli *-galattosidi non vengono assorbiti in quanto l’ uomo non possiede *-galattosidasi. Se, con il chimo intestinale nell’ intestino ileo e crasso giungono zuccheri e *-galattosidi assunti in eccesso, in questo tratto dell’ intestino essi vengono scissi e fermentati da batteri fermentativi, cosicché originano dei gas, H2 ,CO2 , e occasionalmente CH4.
E’ probabile che le flautolenze causate dal consumo di fagioli ed altri legumi siano dovuti agli *-galattosidi presenti in questi alimenti: il fatto che da alcune persone vengano prodotte maggiore quantità di gas anche senza consumo di *-galattosidi, si attribuisce alla ridotta capacità dell’ individuo di digerire certi polisaccaridi e di assorbire determinati zuccheri.