Scopo della PCR (Polymerase chain reaction) è quello di produrre un gran numero di copie di un gene, per avere materiale sufficiente a determinarne la sequenza. Nella fase iniziale del processo si agisce con il calore per denaturare la doppia elica del DNA, nelle fasi successive ogni elica singola serve da templato (stampo) per la sintesi di nuovo DNA. Ogni molecola del DNA viene amplificata, cioè moltiplicata anche miliardi di volte.
In queste condizioni anche minuscole quantità di un contaminante, prodotto magari da una amplificazione precedente, possono essere moltiplicate e dare falsi risultati positivi. Si sono quindi sviluppati dei metodi per evitare questa contaminazione.
Una delle strategie consiste nel sostituire il dTTP con il dUTP, in modo da produrre DNA che contenga Uracile al posto della Timina; i prodotti del PCR contenenti dUTP si comportano come quelli contenenti dTTP.
In questo caso si preparano le soluzioni da utilizzare per una PCR e prima dell’amplificazione le si tratta con l’enzima Uracil-DNA Glicosilasi (UNG). Durante il procedimento, nella fase iniziale di trattamento a temperature elevate (95°) e in condizioni alcaline, si ha l’eliminazione dei polinucletidi non purinici e si rimuove anche tutto l’Uracile contaminante.
Questo metodo naturalmente richiede che tutte le reazioni PCR nel laboratorio debbano essere fatte utilizzando dUTP invece di dTTP.
